Die Realschule vermittelt eine fundierte Allgemeinbildung sowie eine berufsvorbereitende Ausbildung; sie liegt zwischen den Angeboten des Gymnasiums und der Mittelschule. Sie umfasst die Jahrgangsstufen 5 bis 10 und richtet sich in ihrem Bildungsangebot an Jugendliche, die an theoretischen Fragen interessiert sind und zugleich praktische Fähigkeiten und Neigungen besitzen. Die Realschule endet mit einer zentral gestellten Abschlussprüfung und verleiht den Realschulabschluss, einen mittleren Schulabschluss.

Die Jakob-Stoll-Schule wurde im Jahre 1954 als Staatliche Realschule für Knaben gegründet. Das änderte sich, als sie 1992 koedukativ wurde, und damit auch Mädchen hier unterrichtet werden konnten. Mit Beginn des Schuljahres 1999/2000 durfte sie als erste staatliche Realschule hier in Würzburg den sechsstufigen Zweig einführen.

In der sechsstufigen Realschule werden alle Schülerinnen und Schüler in den 5. und 6. Klassen nach dem gleichen Lehrplan und Fächerangebot unterrichtet. Ab der 7. Klasse können verschiedene Ausbildungsrichtungen gewählt werden. Diese sog. Wahlpflichtfächergruppen (I, II und III) setzen verschiedene Schwerpunkte im Unterrichtsangebot. So betont die Wahlpflichtfächergruppe I den mathematisch-naturwissenschaftlichen Teil, während die Wahlpflichtfächergruppe II den Schwerpunkt auf den wirtschaftlichen Bereich legt. Die Wahlpflichtfächergruppe III unterteilt sich nochmals in 3a mit der zweiten Fremdsprache Französisch und 3b mit Werken. Unsere Schule führt alle diese Wahlpflichtfächergruppen.